神域は京都府文化財環境保全地区
神域にはご本殿をはじめ八社の摂・末社が鎮まります。いずれも江戸時代に宮大工である冨田大工により再建されたもので四社五棟が京都府の文化財に指定登録されています。また、巨木に囲まれた境内は四季折々に花々で覆われ、美しく神々しい風景を作り出します。天然記念物、また史跡も数多く点在します。
ご本殿 京都府指定文化財
現在のご本殿は貞享５年（１６８８）宮津藩主・永井尚長により再建されたものです。向拝のある檜皮葺・入母屋造りで、日吉造りともいえるでしょうか。御扉上には三猿像を配した蛙又があります。平成１２年に大修理が行われ、華やかで美しく甦りました。
拝殿 京都府登録文化財
天保５年（1834）藩主・本荘宗發により創建されたもので、入母屋・銅板葺きの大きな拝殿です。拝殿内には宮津市の指定文化財である「山王祭礼図絵馬」がありますが、絵の具の剥落防止のため現在は覆ってあります。
杉末神社・恵比寿神社・船玉神社 京都府登録文化財
杉末・恵比寿神社は江戸時代後期に再建されたものでご本殿の左右に配置されています。ともに彫刻の美しい神社で、平成の大修理により屋根は軒檜皮銅板葺きに改められました。写真は本殿左隣りの恵比寿神社。また、杉末神社横の船玉神社も登録文化財となっています。
含紅桜 宮津市指定天然記念物
藩主・永井尚長により名付けられた桜で樹齢４００年と推定されます。永井侯は延宝４年（1676） この桜を日本一と称える詩を詠んでいます。今は空洞となり、皮だけで生き続けていますが春には昔と変わらぬ美しい花を開きます。
漱玉亭さざんか 宮津市指定天然記念物
江戸初期、藩主京極侯は境内に別邸を設け庭園を造っています。このさざんかはその庭園跡の石組みに配された庭木で、石組みには次の藩主・永井侯による漱玉の文字が彫られています。毎年１１月には満開の花を付けて境内は甘い香りに覆われます。
漱玉亭庭園跡 宮津市指定史跡
京極侯により造られた江戸初期の庭園跡で境内北側にあります。藩主は池を掘り、その上に巨石を組み合わせて川の水を引いて滝をつくりました。それ以後、この山を滝上山と呼びます。現在、滝の流れは無くなりましたが石組みは残り、史跡とされています。
山王祭礼図絵馬・他の文化財
山王祭を描いた祭礼図は佐藤正持の作で宮津市指定文化財。他には正保４年出土の経筒（平安後期）、漱玉亭庭園図、山王祭礼図下絵が市指定文化財。祭礼では「浮太鼓」が宮津市指定無形文化財となっています。
